Um 1900 beginnen Forschende der Eidgenössischen landwirtschaftlichen Versuchsanstalt in Lausanne (heute Agroscope) mit der Erhaltung alter Sorten und initiieren die Nationale Genbank. Bis in die 1950er-Jahre führt der Bund bedeutende Sammlungen lokaler Sorten durch.

Im Jahr 1980 übernahm der junge Wissenschaftler Gert Kleijer die Sortensammlungen. Die älteste in der Schweiz erhaltene Sorte, der Weizen «Rouge de Gruyère» aus dem Jahr 1900, lagert noch immer in der Genbank von Changins. 

Gert Kleijer hatte festgestellt, dass es in der Schweiz eine grosse Anzahl öffentlicher und privater Akteure gab, die sich für die Erhaltung alter Sorten engagierten. Jedoch fehlte eine Plattform, über die sie sich zu diesem Thema treffen und austauschen konnten. So kam es, dass er 1990 das erste Treffen zwischen den Akteuren im Bereich der Kulturpflanzenerhaltung organisierte. Es war ein voller Erfolg, der zur Gründung von SKEK und SKEW führte. 

1991 wurde Gert Kleijer mit der Leitung der Genbank für Getreide, Gemüse und Soja betraut. 

Auf seine Initiative entstanden 1991 die Schweizerische Kommission für die Erhaltung von Kulturpflanzen (SKEK) und die Schweizerische Kommission für die Erhaltung von Wildpflanzen (SKEW). Der erste Vorsitzende der SKEK war Jürg Schmid vom Institut für Pflanzenbau der ETH Zürich.

Ziel war es, Fragen und Tätigkeiten im Zusammenhang mit der Erhaltung pflanzengenetischer Ressourcen in der Schweiz besser zu erfassen und zu koordinieren. Die Schweizerische Kommission für die Erhaltung von Kulturpflanzen hat in all den Jahren ihrer Tätigkeit wissenschaftliche Institutionen, Einzelpersonen und private Organisationen für die Notwendigkeit gemeinsamer Anstrengungen zur Erhaltung und Nutzung dieses kulturellen Erbes sensibilisiert.

Seit ihrer Gründung wurde sie vom Bundesamt für Landwirtschaft finanziell unterstützt. Sie hat Sammlungs- und Erhaltungsprojekte angestossen und war an deren Evaluation beteiligt.

Im Juni 1992 konnte Monique Derron als erste Sekretärin der SKEK und der SKEW in einem Teilzeitpensum gewonnen werden.

Das Interesse an den Tätigkeiten der beiden Kommissionen sowie der Arbeitsaufwand nahm rasch zu, sodass die Sekretariatsaufgaben personell aufgeteilt werden mussten. Monique Derron übernahm das Sekretariat der SKEW (heute Info Flora) und Beate Schierscher-Viret jenes der SKEK.

Von 1998 bis 2001 wurde der Vorsitz der SKEK von Markus Kellerhals, Obstzüchter an der Forschungsanstalt Wädenswil, übernommen. In seine Amtszeit fiel ein starker Ausbau der Aufgaben der SKEK infolge des 1999 gestarteten nationalen Aktionsplans für pflanzengenetische Ressourcen in Ernährung und Landwirtschaft (NAP-PGREL) der Eidgenossenschaft.

In diesem Rahmen werden Projekte zur Erhaltung und nachhaltigen Nutzung der genetischen Vielfalt der Kulturpflanzen für Ernährung und Landwirtschaft (PGREL) finanziert.

Von Beginn an wurden zahlreiche Projekte im Rahmen des Nationalen Aktionsplans (NAP-PGREL) von Mitgliedern der SKEK getragen.

In diese Zeit fällt auch die Formalisierung der SKEK als Verein sowie ihre Anbindung an die Schweizerische Akademie der Naturwissenschaften (scnat) sowie die Bildung artenspezifischer Arbeitsgruppen. 

Seit Mai 2000 ist die SKEK ein privatrechtlicher Verein und seit 2017 als gemeinnützig anerkannt. Mit der Vereinsgründung wurde auch die Sekretariatsstelle als Geschäftsstelle aufgewertet. 

Das Präsidium ging 2001 an Ruth Genner, später an Hanjörg Hassler, Heinz Hänni (2007-2009) und Roni Vonmoos-Schaub über und wird seit 2020 von Tizian Zollinger wahrgenommen.

Seit 2013 ist Agnès Bourqui als Nachfolgerin von Beate Schierscher-Viret Geschäftsführerin der SKEK.

Die SKEK als Netzwerk öffentlicher und privater Organisationen hat 1997 an der Erarbeitung des Nationalen Aktionsplans (NAP-PGREL) auf der Grundlage des Globalen Aktionsplans mitgewirkt und ab 2000 an der Ausarbeitung der «Konzepte zur Erhaltung und Nutzung der pflanzengenetischen Ressourcen in der Schweiz» für verschiedene Kulturarten teilgenommen.

Von 2000 bis 2013 hat die SKEK in Zusammenarbeit mit dem Bundesamt für Landwirtschaft (BLW) einen Teil der Koordinationsarbeiten des NAP-PGREL übernommen sowie die Nationale Datenbank (BDN) entwickelt und betrieben.

Seit 2014 ist die Koordination des Nationalen Aktionsplans (NAP-PGREL) vollständig beim Bundesamt für Landwirtschaft (BLW) zentralisiert, wodurch die SKEK ihr Koordinationsmandat in diesem Bereich verliert.

Seitdem verfolgt die SKEK ihre Ziele zur Unterstützung der Erhaltung und nachhaltigen Nutzung der Kulturpflanzen in Zusammenarbeit mit dem BLW und stärkt dabei ihre Rolle als zentrale Plattform für den wissenschaftlichen und praktischen Austausch zwischen den verschiedenen beteiligten Akteuren.

Im Jahr 2026, 35 Jahre nach ihrer Gründung, setzt die SKEK ihre Mission fort: die relevanten Akteure zusammenzubringen und mit dem Bundesamt für Landwirtschaft (BLW) zusammenzuarbeiten, um die Vielfalt der Kulturpflanzen in der Schweiz zu erhalten.