Vers 1900, des chercheurs de la Station fédérale d’essais agronomiques de Lausanne (aujourd’hui Agroscope) commencent à conserver d’anciennes variétés et lancent la Banque nationale de gènes. Jusqu’aux années 1950, la Confédération constitue d’importantes collections de variétés locales.

En 1980, le jeune scientifique Gert Kleijer reprend les collections variétales. La plus ancienne variété conservée en Suisse, le blé « Rouge de Gruyère » datant de 1900, est encore stockée dans la banque de gènes de Changins.

Gert Kleijer avait constaté qu’il existait en Suisse un grand nombre d’acteurs publics et privés engagés dans la conservation des anciennes variétés. Il manquait toutefois une plateforme leur permettant de se rencontrer et d’échanger sur ce thème. C’est ainsi qu’il organise en 1990 la première rencontre entre les acteurs du domaine de la conservation des plantes cultivées. Ce fut un grand succès, qui mena à la création de la CPC et de la CPS.

En 1991, Gert Kleijer est chargé de la direction de la banque de gènes pour les céréales, les légumes et le soja.

À son initiative, la Commission suisse pour la conservation des plantes cultivées (CPC) et la Commission suisse pour la conservation des plantes sauvages (CPS) sont créées en 1991. Le premier président de la CPC fut Jürg Schmid, de l’Institut de production végétale de l’EPF de Zurich.

L’objectif était de mieux recenser et coordonner les questions et activités liées à la conservation des ressources phytogénétiques en Suisse. Au fil des années, la Commission suisse pour la conservation des plantes cultivées a sensibilisé les institutions scientifiques, les particuliers et les organisations privées à la nécessité d’efforts communs pour la conservation et la valorisation de ce patrimoine culturel.

Depuis sa création, elle est soutenue financièrement par l’Office fédéral de l’agriculture (OFAG). Elle a initié des projets d'inventaire et de conservation et a participé à leur évaluation.

En juin 1992, Monique Derron est engagée comme première secrétaire de la CPC et de la CPS à temps partiel.

L’intérêt pour les activités des deux commissions ainsi que la charge de travail augmentent rapidement, si bien que les tâches de secrétariat doivent être réparties. Monique Derron reprend le secrétariat de la CPS (aujourd’hui Info Flora) et Beate Schierscher-Viret celui de la CPC.

De 1998 à 2001, la présidence de la CPC est assurée par Markus Kellerhals, sélectionneur fruitier à la station de recherche de Wädenswil. Son mandat est marqué par un fort développement des activités de la CPC en raison du lancement du Plan d’action national pour les ressources phytogénétiques pour l’alimentation et l’agriculture (PAN-RPGAA) de la Confédération en 1999.

Dans ce cadre, des projets visant à préserver et à utiliser durablement la diversité génétique des plantes cultivées pour l‘alimentation et l’agriculture (RPGAA) sont financés.

Dès le début, de nombreux projets ont été portés par des membres de la CPC dans le cadre du Plan d’action national (PAN-RPGAA).

Cette période voit également la formalisation de la CPC en association et son rattachement à l’Académie suisse des sciences naturelles (scnat), ainsi que la création de groupes de travail spécifiques aux espèces. 

Depuis mai 2000, la CPC est une association de droit privé et, depuis 2017, elle est reconnue d’utilité publique. Avec la création de l'association, le secrétariat a également été revalorisé et structuré en bureau administratif.

La présidence passe en 2001 à Ruth Genner, puis à Hanjörg Hassler, Heinz Hänni (2007–2009) et Roni Vonmoos-Schaub, et est assurée depuis 2020 par Tizian Zollinger.

Depuis 2013, Agnès Bourqui est directrice de la CPC, en remplacement de Beate Schierscher-Viret.

En tant que réseau d’organisations publiques et privées, la CPC a participé en 1997 à l’élaboration du Plan d’action national (PAN-RPGAA) sur la base du Plan d’action mondial, puis, à partir de 2000, à l’élaboration des « concepts pour la conservation et l’utilisation des ressources phytogénétiques en Suisse » pour différentes cultures.

De 2000 à 2013, la CPC a assuré, en collaboration avec l’Office fédéral de l’agriculture (OFAG), une partie des travaux de coordination du PAN-RPGAA, ainsi que le développement et l’exploitation de la base de données nationale (BDN).

Dès 2014, la coordination du Plan d’action national (PAN-RPGAA) est entièrement centralisée à l’Office fédéral de l’agriculture (OFAG), et la CPC perd ainsi son mandat de coordination dans ce domaine.

Depuis lors, la CPC poursuit ses objectifs de conservation et d’utilisation durable des plantes cultivées en collaboration avec l’OFAG. Elle renforce son rôle de plateforme centrale pour l’échange scientifique et pratique entre les différents acteurs concernés.

En 2026, 35 ans après sa création, la CPC poursuit sa mission : rassembler les acteurs concernés et collaborer avec l’Office fédéral de l’agriculture (OFAG) afin de préserver la diversité des plantes cultivées en Suisse.